Новый экскаватор агрегатируется дизельным двигателем Cat C9.3 ACERT мощностью 300 л.с. (236 кВт). Установка такого двигателя позволила выполнить требования стандарта Tier 4 Interim на чистоту выхлопа. Новый двигатель обладает мощностью на 12% выше, чем двигатель на экскаваторе 336D, что позволило уменьшить время выполнения стандартной операции на 4% и при этом снизить удельный расход топлива на 2%. Увеличено также на 5% рабочее давление в гидроконтуре навесного оборудования на режиме «Тяжелый груз», что позволяет легче справляться с подъемом крупногабаритных труб и элементов металлоконструкций.

В комплектацию 336E введено несколько устройств, позволяющих экономить горючее. Так, машина получила электрический восстанавливающий клапан, дающий возможность регенерировать энергию при опускании элементов механизма копания. Предусмотрены установки времени работы двигателя на режиме малого газа перед его отключением. Система регулирования частоты вращения коленчатого вала двигателя может работать по изохронному алгоритму, поддерживая наиболее экономичный режим оборотов вне зависимости от нагрузки на рабочие органы.

Система очистки сажевого фильтра может включаться автоматически, без участия оператора, по достижении заданного значения падения полного давления и при оптимальном режиме работы двигателя.

Экскаватор 336E оснащается новым поколением ковшей Cat Next Generation, которые отличаются улучшенной геометрией, позволяющей быстрее производить набор материала в ковш и оптимизировать распределение усилий на элементах проникания в грунт.